Nel museo sono esposti reperti egizi, che in passato erano suddivisi in due diverse collezioni, e reperti risalenti a varie epoche, dalla preistoria in poi e diverse provenienze geografiche, nonché una piccola sezione Maya.
Le nuove sale destinate ad accogliere le mummie ed i relativi sarcofagi di proprietà del Museo di Storia Naturale, sono state inaugurate il 31 luglio 2004, conferendo all'insieme maggiore importanza e valenza scientifica.
Vi sono quindi tre mummie umane, esposte in sarcofagi di legno dipinto, una intatta e interamente bendata, una, femminile, parzialmente liberata dalle bende che la fasciavano, ed una messa completamente a nudo. Di particolare valenza artistica sono i sarcofagi che le ospitano, finemente decorati. La collezione comprende altri due sarcofagi, uno in granito ed uno in pietra bianca.
La collezione triestina relativa all'antico Egitto comprende altresì: fogli di papiro, vasi canopi in alabastro con coperchi raffiguranti le teste dei figli del dio Horus, stele e monumenti funerari, un pyramidion in pietra ed una scultura.
Alcune vetrine sono interamente dedicate alle divinità egizie, dagli animali sacri alle divinità zoo-antropomorfe, dagli usciabati agli amuleti di squisita fattura.
A conclusione un'esposizione di materiali copti ed islamici, a testimonianza delle diverse culture che si sono succedute lungo le rive del Nilo.
Il Civico Museo di Storia ed Arte è situato in piazza della cattedrale ed ha tre ingressi:
È aperto al pubblico con il seguente orario: